Link muss auch in seinem zweiten Abenteuer Prinzessin Zelda schützen und den bösen Ganon und seine Handlanger besiegen, um die Welt im Gleichgewicht zu halten. Da Ganon und Zelda dieses Mal beide mehr oder weniger passiv an der Geschichte teilnehmen, trifft Link auf eine Menge neuer Personen und Bösewichte...

Zelda liegt in einem magischen Tiefschlaf und muss sich von Link erneut beschützen lassen, um Ganon und seinen Schergen zu entgehen...