In "The Wind Waker" ist die Hauptfigur Link nicht die gleiche Person, wie es zum Teil in den anderen Abenteuern der Fall ist. Link ist jünger als seine "Vorgänger" und lebt zusammen mit seiner Großmutter und seiner Schwester Aril auf einer wenig belebten Insel. Als jedoch ein Piratenschiff und ein Riesenvogel Links gemütlichen Alltag stören und dabei seine Schwester entführt wird, gibt es für ihn kein Halten mehr, und er macht sich auf, seine Schwester zu retten - und eine alte Prophezeiung zu erfüllen...

Tetra ist der Kapitän des Piratenschiffes, das Links Heimatinsel zu Beginn des Spiels aufsucht. Nachdem Link sie vor dem Riesenvogel gerettet hat, bietet sie ihm an, ihn auf ihrem Schiff mitzunehmen und zur Festung zu bringen, wo seine Schwester gefangen gehalten wird. Dort angekommen, schenkt sie Link ein mystisches Amulett - doch das ist nicht das einzige Geheimnis, das Tetra umgibt...

Auch Ganondorf ist in "The Wind Waker" natürlich wieder mit von der Partie. Nach jahrhundertelanger Verbannung ist er wieder zurückgekehrt, um die Welt an sich zu reißen und sie ins Unglück zu stürzen. Auf der Suche nach Prinzessin Zelda und der ultimativen Macht kann ihm nur noch der legendäre Held mit dem Masterschwert gegenüber treten und ihn endgültig vernichten...

Die legendäre Prinzessin Zelda taucht dieses Mal erst sehr spät im Spiel auf, ihr Auftritt ist dafür umso prachtvoller und beeindruckender. Wie üblich muss sie sich vor dem bösen Ganondorf verstecken, der alles daran setzt, die Prinzessin in seine Gewalt zu bekommen...

Aril ist die kleine Schwester von Link und lebt zusammen mit ihm und der Großmutter auf einer friedlichen, kleinen Insel. Doch als eines Tages ein Riesenvogel im Schlepptau eines Piratenschiffes ankommt, ist die Ruhe vorbei, denn Aril wird vom Vogel entführt und nur noch einer kann sie retten - Link...

Links und Arils Großmutter ist eine liebenswürdige, aber sehr ängstliche Person, die sehr an ihren Enkelkindern hängt und verzweifelt ist, als Aril entführt wird und Link ihr zur Hilfe eilen will. Schlussendlich findet sie sich aber mit der Situation ab und hilft Link mit Ausrüstung und Heiltränken bzw. Suppen auf seinem gefahrvollen Abenteuer...

Tingle ist ein recht merkwürdiger Kobold, den Link zu Beginn des Spiels aus einem Verlies befreit. Daraufhin ist Tingle Link sehr dankbar und schenkt ihm eine Kamera, mit der sich Fotos schießen lassen. Außerdem hilft er Link später im Spiel auch noch bei der Suche nach den Triforce...